Administrarea ariilor protejate din judet va constitui una din principalele obiective ale autoritatilor locale pe raza carora sunt amplasate acestea. Potrivit informatiilor furnizate de directorul Agentiei de Protectia Mediului Salaj, Aurica Grec, in Salaj au fost declarate prin acte normative 15 arii naturale protejate de interes national, totalizand o suprafata de 484 de hectare. In prezent, trei dintre acestea sunt incredintate in custodie Directiei Silvice Salaj. Este vorba de Rezervatia Naturala Padurea Lapis, Monumentul Naturii Mosu si Baba si Rezervatia Naturala Padurea La Castani. Se spera ca pe viitor primariile sa fie cele care gestioneaza aceste valori naturale.
Activitatea derulata in domeniul protectiei naturii, biodiversitatii si administrarii ariilor protejate de catre APM Salaj s-a conformat Ordinului MMP nr. 2.387/2011 privind instituirea regimului de arie naturala protejata a siturilor de importanta comunitara, ca parte a retelei ecologice europene Natura 2000 in Romania. In judet, exista doua arii de Conservare: Lozna (pe teritoriul administrativ al comunelor Babeni, Ileanda, Lozna, Rus si Surduc) si Muntele Ses (pe teritorul comunelor Halmasd, Marca, Plopis, Sag, Valcau de Jos, dar si pe teritoriul judetelor Cluj si Bihor). Totodata, in Salaj a fost identificata o arie speciala de protectie avifaunistica, declarata prin HG 971/2011 ca parte integranta a retelei ecologice europene Natura 2000 in Romania (suprafata care se intinde si in judetul Maramures), respectiv, pe Cursul Mijlociu al Somesului.
In plus, prin Ordinul MMD 1964/2007 privind instituirea regimului de arie naturala protejata a siturilor de importanta comunitara, ca parte integranta a retelei ecologice europene Natura 2000 in Romania, in judetul Salaj au fost declarate trei arii speciale de conservare. Acestea se afla in zona Pesterii Magurici (situata pe teritoriul administrativ al comunei Ileanda, in apropiere de Rastoci), la Racas-Hida (in comuna Hida) si la Tusa Barcau (pe teritoriul comunei Sag).
Vorbind de aria speciala de conservare de la Racas-Hida, Aurica Grec a aratat ca, proiectul acestui sit de interes comunitar s-a derulat prin Programul Operational Sectorial de Mediu, axa prioritara 4. Finantarea a fost asigurata de Uniunea Europeana, beneficiar al proiectului este APM Salaj, iar partener Consiliul Judetean Salaj. Valoarea totala eligibila a proiectului este de 611.183 de lei, din care contributia comunitara s-a ridicat la suma de 488.946 de lei si contributia nationala la 122.237 lei. Implementarea proiectului se deruleaza in intervalul 20 ianuarie 2010-20 ianuarie 2013.
La nivelul APM Salaj pentru anul 2011 s-au intocmit si eliberat 29 de autorizatii conform Ordinului 410 din 11 aprilie 2008, a activitatilor de recoltare, capturare, achizitie sau comercializare. Dintre acestea, 13 autorizatii au fost emise pentru recoltare de ciuperci si fructe de padure, doua pentru recoltare (capturare) de melci, patru pentru recoltare de ciuperci, fructe de padure, melcii vii si zece pentru vanatoare. In acest an s-au efectuat sase verificari in teren pentru monitorizarea modului de administrare a ariilor naturale protejate.